در میان شاهان سلسله صفویان که حدود ۲۳۰ سال بر ایران حاکم بودند تنها شاه اسماعیل اول و شاه طهماسب اول بر روى پرچم خود نقش شیر و خورشید نداشتند. پرچم شاه اسماعیل یکسره سبز رنگ بود و بر بالاى آن تصویر ماه قرار داشت. شاه طهماسب نیز چون خود زادهً  ماه فروردین ( برج حمل ) بود دستور داد به جاى شیر و خورشید تصویر گوسفند ( نماد برج حمل ) را هم بر روى پرچمها و هم بر سکه ها ترسیم کنند.  پرچم ایران در بقیهً دوران حاکمیت صفویان سبز رنگ بود و شیر و خورشید را بر روى آن زردوزى مى کردند. البته موقعیت و طرز قرارگرفتن شیر در همهً این پرچمها یکسان نبوده، شیر گه  نشسته بوده، گاه نیمرخ و گاه رو به سوى بیننده.  در بعضى موارد هم خورشید از شیر جدا بوده و گاه چسبیده به آن.   به استناد سیاحت نامهً ژان شاردن جهانگرد فرانسوى استفاده او بیرق هاى نوک تیز و باریک که بر روى آن آیه اى از قرآن و تصویر شمشیر دوسر على یا شیر خورشید بوده، در دوران صفویان رسم بوده است. به نظر مى آید که پرچم ایران تا زمان قاجارها، مانند پرچم اعراب، سه گوشه بوده نه چهارگوش.

پرچم در دوره نادر شاه
نادر که مردى خود ساخته بود توانست با کوششى عظیم ایران را از حکومت ملوک الطوایفى رها ساخته، بار دیگر یکپارچه و متحد کند. سپاه او از سوى جنوب تا دهلى، از شمال تا خوارزم و سمرقند و بخارا، و از غرب تا موصل و کرکوک و بغداد و از شرق تا مرز چین پیش روى کرد. در همین دوره بود که تغییراتى در خور در پرچم ملى و نظامى ایران بوجود آمد.  درفش شاهى یا بیرق سلطنتى در دوران نادرشاه از ابریشم سرخ و زرد ساخته مى شد و بر روى آن تصویر شیر و خورشید هم وجود داشت اما درفش ملى ایرانیان در این زمان سه رنگ سبز و سفید و سرخ با شیرى در حالت نیمرخ و در حال راه رفتن داشته که خورشیدى نیمه بر آمده بر پشت آن بود و در درون دایره خورشید نوشته بود:  ” المک الله ” سپاهیان نادر در تصویرى که از جنگ وى با محمد گورکانى، پادشاه هند، کشیده شده، بیرقى سه گوش با رنگ سفید در دست دارند که در گوشهً بالائى آن نوارى سبز رنگ و در قسمت پائیتى آن نوارى سرخ دوخته شده است. شیرى با دم برافراشته به صورت نیمرخ در حال راه رفتن است و درون دایره  خورشید آن بازهم ” المک الله ” آمده است. بر این اساس میتوان گفت پرچم سه رنگ عهد نادر مادر پرچم سه رنگ فعلى ایران است. زیرا در این زمان بود که براى نخستین بار این سه رنگ بر روى پرچم هاى نظامى و ملى آمد، هر چند هنوز پرچمها سه گوشه بودند.

دوره قاجارها پرچم چهار گوشه

در دوران آغامحمدخان قاجار، سر سلسلهً قاجاریان، چند تغییر اساسى در شکل و رنگ پرچم داده شد، یکى این که شکل آن براى نخستین بار از سه گوشه به چهارگوشه تغییر یافت و دوم این که آغامحمدخان به دلیل دشمنى که با نادر داشت سه رنگ سبز و سفید و سرخ پرچم نادرى را برداشت و تنها رنگ سرخ را روى پرچم گذارد. دایره سفید رنگ بزرگى در میان این پرچم بود که در آن تصویر شیر و خورشید به رسم معمول وجود داشت با این تفاوت بارز که براى نخستین بار شمشیرى در دست شیر قرار داده شده  بود. در عهد فتحعلى شاه قاجار، ایران داراى پرچمى دوگانه شد. یکى پرچمى یکسره سرخ با شیرى نشسته و خورشید بر پشت که پرتوهاى آن سراسر آن را پوشانده بود. نکته شگفتى آور این که شیر پرچم زمان صلح شمشیر بدست داشت در حالى که در پرچم عهد جنگ چنین نبود.  در زمان فتحعلى شاه بود که استفاده از پرچم سفید رنگ براى مقاصد دیپلماتیک و سیاسى مرسوم شد. در تصویرى که یک نقاش روس از ورود سفیر ایران ” ابوالحسن خان شیرازى ” به دربار تزار روس کشیده، پرچمى سفید رنگ منقوش به شیر و خورشید و شمشیر، پیشاپیش سفیر در حرکت است. سالها بعد، امیرکبیر از این ویژگى پرچم هاى سه گانهً دورهً فتحعلى شاه استفاده کرد و طرح پرچم امروزى را ریخت. براى نخستین بار در زمان محمدشاه قاجار ( جانشین فتحعلى شاه ) تاجى بر بالاى خورشید قرار داده شد. در این دوره هم دو درفش یا پرچم به کار مى رفته است که بر روى یکى شمشیر دو سر حضرت على و بر دیگرى شیر و خورشید قرار داشت که پرچم اول درفش شاهى و دومى درفش ملى و نظامى بود.

دوره ناصرالدین شاه

امیر کبیر و پرچم ایران
میرزا تقى خان امیرکبیر، بزرگمرد تاریخ ایران، دلبستگى ویژه اى به نادرشاه داشت و به همین سبب بود که پیوسته به ناصرالدین شاه توصیه مى کرد شرح زندگى نادر را بخواند. امیرکبیر همان رنگ هاى پرچم نادر را پذیرفت، اما دستور داد شکل پرچم مستطیل باشد ( بر خلاف شکل سه گوشه در عهد نادرشاه ) و سراسر زمینهً پرچم سفید، با یک نوار سبز به عرض تقریبى ۱۰ سانتى متر در گوشه بالائى و نوارى سرخ رنگ به همان اندازه در قسمت پائین پرچم دوخته شود و نشان شیر و خورشید و شمشیر در میانه پرچم قرار گیرد، بدون آنکه تاجى بر بالاى خورشید گذاشته شود. بدین ترتیب پرچم ایران تقریباٌ به شکل و فرم پرچم امروزى ایران درآمد.

 انقلاب  مشروطه و پرچه ایران
با پیروزى جنبش مشروطه خواهى در ایران و گردن نهادن مظفرالدین شاه به تشکیل مجلس،  نمایندگان مردم در مجلس هاى اول و دوم به کار تدوین قانون اساسى و متمم آن مى پردازند. در اصل پنجم متمم قانون اساسى آمده بود: ” الوان رسمى بیرق ایران، سبز و سفید و سرخ و علامت شیر و خورشید است”، کاملا مشخص است که نمایندگان در تصویب این اصل شتابزده بوده اند. زیرا   اشاره اى به ترتیب قرار گرفتن رنگها، افقى یا عمودى بودن آنها، و این که شیر و خورشید بر کدام یک از رنگها قرار گیرد به میان نیامده بود. همچنین دربارهً وجود یا عدم وجود شمشیر یا جهت روى شیر ذکرى نشده بود.  به نظر مى رسد بخشى از عجلهً نمایندگان به دلیل وجود شمارى روحانى در مجلس بوده که استفاده از تصویر را حرام مى دانستند. نمایندگان نواندیش در توجیه رنگهاى به کار رفته در پرچم به استدلالات دینى متوسل شدند، بدین ترتیب که مى گفتند رنگ سبز، رنگ دلخواه پیامبر اسلام و رنگ این دین است، بنابراین پیشنهاد مى شود رنگ سبز در بالاى پرچم ملى ایران قرار گیرد. در مورد رنگ سفید نیز به این حقیقت تاریخى استناد شد که رنگ سفید رنگ مورد علاقهً زرتشتیان است، اقلیت دینى که هزاران سال در ایران به صلح و صفا  زندگى کرده اند و این که سفید نماد صلح، آشتى و پاکدامنى است و لازم است در زیر رنگ سبز قرار گیرد.  در مورد رنگ سرخ نیز با اشاره به ارزش خون شهید در اسلام، بویژه امام حسین و جان باختگان انقلاب مشروطیت به ضرورت پاسداشت خون شهیدان اشاره گردید. وقتى نمایندگان روحانى با این استدلالات مجباب شده بودند و زمینه مساعد شده بود، نواندیشان حاضر در مجلس سخن را به موضوع نشان شیر و خورشید کشاندند و این موضوع را این گونه توجیه کردند که انقلاب  مشروطیت در مرداد (سال ۱۲۸۵ هجرى شمسى ۱۹۰۶ میلادى) به پیروزى رسید یعنى در برج اسد(شیر). از سوى دیگر چون اکثر ایرانیان مسلمان شیعه و پیرو على هستند و اسدالله از القاب حضرت على است، بنابراین شیر هم نشانهً مرداد است و هم نشانهً امام اول شیعیان در مورد خورشید نیز چون انقلاب مشروطه در میانهً ماه مرداد به پیروزى رسید و خورشید در این ایام در اوج نیرومندى و گرماى خود است پیشنهاد مى کنیم خورشید را نیز بر پشت شیر سوار کنیم که این شیر و خورشید هم نشانهً على باشد هم نشانهً ماه مرداد و هم نشانهً چهاردهم مرداد یعنى روز پیروزى مشروطه خواهان و البته وقتى شیر را نشانهً پیشواى امام اول بدانیم لازم است شمشیر ذوالفقار را نیز بدستش بدهیم.   بدین ترتیب براى اولین بار پرچم ملى ایران به طور رسمى در قانون اساسى به عنوان نماد استقلال و حاکمیت ملى مطرح شد. در سال ۱۳۳۶ منوچهر اقبال، نخست وزیر وقت به پیشنهاد هیاًتى از نمایندگان وزارت خانه هاى خارجه، آموزش و پرورش و جنگ طى بخش نامه اى ابعاد و جزئیات دیگر پرچم را مشخص کرد. بخش نامهً دیگرى در  سال ۱۳۳۷ در مورد تناسب طول و عرض پرچم صادر شد و طى آن مقرر گردید طول پرچم اندکى بیش از یک برابر و نیم عرضس باشد.

پرچم  بعد از انقلاب
در اصل هجدهم قانون اساسى جمهورى اسلامى ایران مصوب سال ۱۳۵۸ (۱۹۷۹ میلادى) در مورد پرچم گفته شده است که پرچم جمهورى اسلامى از سه رنگ سبز، سفید و سرخ تشکیل مى شود و نشانهً جمهورى اسلامى (تشکیل شده با حروف الله اکبر) در وسط آن قرار دارد.